在科技部科研條件和財務司司長張曉原看來，這是對我國中央財政科技計劃體系的一次“大手術”。“改革開放以來，863計劃、973計劃、國家自然科學基金等國家科技計劃取得了一大批舉世矚目的成果。但這些年科技計劃、專項、基金的產出與國家發展的要求相比還遠遠不夠，很多重要領域都亟需真正具有標志性、帶動型，能夠解決制約發展‘卡脖子’問題的重大科學技術突破。”
張曉原表示，當前我國科技計劃、專項、基金在體系布局、管理體制、運行機制、總體績效等方面都存在諸多問題，突出表現在科技計劃碎片化和科技項目取向聚焦不夠兩個方面，這些問題反映出科技宏觀管理體制和政府部門的職能定位與科技創新和產業變革的趨勢不相適應。
基于上述問題，《方案》改革的總體目標是，強化頂層設計、打破條塊分割，加強部門功能性分工，建立具有中國特色的以目標和績效為導向的科技計劃（專項、基金等）管理體制。
據張曉原介紹，根據改革目標，此次《方案》提出推進優化整合的五個原則：一是轉變政府科技管理職能，政府各部門不再直接管理具體項目，建立統一的宏觀管理和監督評估機制，解決科技資源配置“碎片化”問題；二是聚焦國家重大戰略任務，優化科技計劃、專項、基金等布局，確定主攻方向，解決目標分散問題；三是促進科技與經濟深度融合，圍繞產業鏈部署創新鏈，圍繞創新鏈完善資金鏈；四是明晰政府與市場的關系，政府重點支持市場不能有效配置資源的公共科技活動。五是堅持公開透明和社會監督，加強全過程的信息公開。
此外，《方案》還提出了六個方面的重點工作：一是建立聯席會議制度，由科技部牽頭，財政、發改等部門共同制定議事規則；二是依托專業機構管理項目，把政府部門從資金的具體分配和項目的日常管理中解放出來，改為由規范化的專業機構負責；三是設立戰略咨詢和綜合評審委員會，統一對科技計劃等進行決策咨詢和評審；四是建立統一的評估和監管機制，監督和評估結果作為財政后續支持的重要依據；五是建立動態調整和終止機制，對現有資源配置進行優化，新設立科技計劃、專項、基金等要嚴格按程序報批；六是完善國家科技管理信息系統，向社會公開信息。
